Hola
Para encontrar un malware en un sitio web, hay varias opciones dependiendo de varios factores.
Si tienes acceso root al servidor, puedes instalar un anti virus (te dire cual por chat).
Si no tienes, y tienes instalado Wordpress hay plugins que puedes instalar que comprueban la integridad de los ficheros
Hablemos en chat y te comento con mas detallesGracias