Te comparto que desarrollé eso mismo para mi web app, está basada en Linux y tiene 3 capas (BD, App Server y Web Proxy Server)
Actualmente se puede desplegar todo en un mismo servidor o bien diferentes componentes en diferente servidores.
Puedo usar las mismas herramientas de despliegue (instalación) que usé, pero antes de nada, cuentame un poco mas en que está desarrollado, que app server usa, que webserver usará y sobre todo que bd estará usando.
Quedo al pendiente de tus comentarios.
Saludos cordiales