Cordial Saludo, entiendo su necesidad y puedo ayudarle de la siguiente forma, debido a que usted indica que actualmente su cronjob hace el trabajo correctamente, lo que requiere es un ajuste al proceso, cuando ocurren este tipo de fallas es debido a que se realiza un carga masiva de datos en la importación, podemos cambiar el proceso para que la ejecución de un cron php en laravel como lo tiene en lugar de cargar la data masiva haga un recorrido de los datos uno a uno y elimine las filas importadas, ya que el servidor puede fallar por eventos externos o reiniciarse y el proceso de importación debe continuar donde se quedo, el cron debe ejecutarse con periodos de tiempo extensos si la data a cargar es recurrente y hay frecuencia de que existan datos tan pesados de esta forma puede asegurarse que la data se va a cargar completa, sin duplicar datos y sin reiniciar los tiempos de ejecución en caso de errores o eventos externos que puedan parar el proceso.