Que tal buen dia, soy administrador de servidors linux con 12 años de experiencia, me gustaria poder ayudarte, te propongo instalar una serie de restricciones tanto a nivel servicios web, como a nivel servidor via firewalls y configuracion de iptables en tu servidor, solo necesito que me digas mas a detalle que segmento de red es el que te ataca y como has determinado que estan atacando tu servidor, si tienes algunos reportes del ataque me ayuda para determinar que puertos estas resiviendo los ataques entre otras, cosas si gustas lo podemos platicar mas a detalle, podemos bloquear hasta por areas geograficas solo es necesario determinar ciertos patrones en el ataque